12 апреля 1945 года во время уличных боёв за Вену, где работал в паре с И. А. Чикноверовым, получил множество ранений. Был отправлен в военный госпиталь и, несмотря на усилия врачей, скончался 19 апреля. Был похоронен с воинскими почестями в центре Вены рядом с парламентом.
Кинохроники, снятые Стояновским, вошли в кинолетопись Великой Отечественной войны, были использованы во многих выпусках военной кинопериодики, а также в документальных фильмах «Берлин», «Освобождение Крыма» и других.